Dược phẩm là phương pháp điều trị chính đối với nhiễm giun kim.[22] Chúng hiệu quả đến mức mà nhiều nhà khoa học y khoa cho rằng các biện pháp vệ sinh là không thực tế.[20] Tuy nhiên, sự tái nhiễm thường xảy ra bất kể đã đượcsử dụng thuốc.[8] Loại bỏ hoàn toàn ký sinh trùng khỏi một cư gia có thể cần đến những liều thuốc lặp đi lặp lại trong đến cả năm hoặc lâu hơn.[9] Bởi vì các loại thuốc tiêu diệt giun kim trưởng thành, nhưng không diệt trứng, lần điều trị tiếp theo được khuyến nghị là trong hai tuần.[20] Ngoài ra, nếu một thành viên trong gia đình lan truyền trứng giun sang người khác, và sau hai hoặc ba tuần những trứng này sẽ trở thành giun trưởng thành, do đó có thể kiểm soát để điều trị.[23] Nhiễm giun không triệu chứng, thường ở trẻ nhỏ, có thể là những nguồn lây nhiễm, và do đó toàn bộ các thành viên trong nhà nên được điều trị dù có triệu chứng hay không.[9][22]

Những hợp chất benzimidazole albendazole (tên thương mại e.g., Albenza, Eskazole, Zentel và Andazol) và mebendazole (tên thương mại e.g., Ovex, Vermox, Antiox và Pripsen) là hiệu quả nhất.[22] Chúng hoạt động bằng cách ức chế hoạt động vi ống của giun kim trưởng thành, làm giảm glycogen,[22] do đó kí sinh trùng bị chết vì đói.[23] Một liều duy nhất 100 milligram mebendazole với liều lặp lại sau một tuần, được cho là an toàn nhất, và thường có hiệu quả với tỉ lệ chữa khỏi 96%.[8][22] Mebendazole không gây ra tác dụng phụ nghiêm trọng, mặc dù đau bụng và tiêu chảy từng được báo cáo.[22] Pyrantel pamoate (cũng gọi là pyrantel embonate, tên thương mại e.g., Reese's Pinworm Medicine, Pin-X, Combantrin, Anthel, Helmintox, và Helmex) diệt được giun trưởng thành bằng cách phong tỏa thần kinh cơ,[23] và có hiệu quả tương tư như những hợp chất benzimidazole và được sử dụng như là liệu pháp thứ hai.[9] Các dược phẩm khác là piperazine, gây liệt mềm ở giun trưởng thành, và pyrvinium pamoate (còn gọi là pyrvinium embonate), hoạt động bằng cách ức chế sự hấp thụ oxi ở giun trưởng thành.[23] Giun kim nằm trong hệ sinh dục (trong trường hợp này là cơ quan sinh dục nữ) có thể điều trị bằng thuốc khác.[8]